vendredi 18 septembre 2020

Mutations de l'ADN et variabilié génétique (1ère spé SVT)

Semaine 3 (suite)

Les mutations sont des modifications aléatoires de l'ADN qui touchent une ou plusieurs bases azotées. 

Ces mutations peuvent apparaître :                                                                                     

— lors de la réplication                                                                                                           

— par modification chimique de l'ADN.

Mutations lors de la réplication. l'activité de l'ADN polymérase peut entrainer des erreurs de réplication qu'on appelle des mésappariements et la mise en place de nucléotides incorrects (1). Cela entraine l'apparition d'une mutation au cours de la réplication suivante (2) qui se maintiendra durant les cycles suivants (3).

  

Mutations par modifications chimiques. Des modifications chimiques peuvent apparaître dans la molécule d'ADN en dehors des périodes de réplication. Elles peuvent avoir une origine endogène (qui part de l'organisme) ou une origine exogène (mutations induites par un agent mutagène). La fréquence des mutations est augmentée par la présence d'agents mutagènes comme certains rayonnements (UV) ou par des substances dites cancérogènes (benzène, amiante).

 

Une notion importante est celle de risque relatif par rapport à l'exposition à un agent mutagène. Comme exemple on peut prendre le risque relatif de développer un mélanome (cancer de la peau) par rapport au temps d'exposition aux UV artificiels.

 

Un mélanome

 

Une exposition prolongée aux UV provoque l'apparition d'une liaison entre deux thymines si elles sont voisines sur une chaîne d'ADN. On parle alors de dimère T-T. 

 

L'existence de ces dimères provoquent des modifications de la structure de l'ADN durant la réplication qui suit, ces mutations se maintenant au cours du temps. Cette altération des la structure de l'ADN peut entrainer l'apparition d'un mélanome.

 

Quelques mutations spontanées

En génétique, on appelle les individus ne possédant pas de caractères particuliers, des individus "sauvage". Ainsi lorsque je parle d'une souris "sauvage", ça ne signifie pas qu'elle est plus méchante qu'une autre !

Une souris "sauvage"

 

L'albinisme est une mutation assez fréquente chez les animaux caractérisée par une absence totale de colorations des poils. La souris blanche de laboratoire est un mutant albinos du type sauvage.

 

Surnommé, Flocon de neige, le gorille albinos du zoo de Barcelone, était sa mascotte. Il est mort en 2013 à 45 ans (âge canonique pour une gorille) des suite d'un cancer de la peau sans doute causé par l'exposition aux UV du soleil.

 

Un autre exemple d'albinisme animal est le cas de ce petit koala, phénomène très rare chez les marsupiaux.

 

Il existe aussi des cas de mélanisme, caractérisé par une couleur uniformément noire des poils. La cas le plus célèbre est celui de la panthère noire.

Une panthère "sauvage"

 

Une panthère mélanique

 

L'absence de poil est un autre type de mutation. Chez les souris, la mutation "nude" s'accompagne d'une particulière sensibilité immunologique.

Des souris "nude"


 

Le chien nu du Mexique encore appelé Xoloitzcuintle est une race très ancienne qui, pour les Aztèques, était un représentant sur Terre du dieu Xolotl, dieu des jumeaux, du crépuscule et du passage dans l'inframonde. Le plus ancien crâne retrouvé, a été daté environ - 1300.

Le chien nu du Mexique

 

Le chat sphinx, ou chat nu est au contraire une création récente puisque la race a pour origine la découverte d'une portée de chat sans poil issu d'une chatte de gouttière découverte au Canada en 1966. Les standards de la race furent posés en 1985 par un éleveur français à partir d'un chat baptisé Aménophis Clone. Outre son absence de poil, cette race est caractérisée par une tête triangulaire, des grands yeux et des grandes oreilles (un peu E.T, quoi !).

Le chat Sphynx


 

Semaines 4 + 5

Activité pratique. Mise en place de l'expérience sur la mutation des levures

 

Une semaine après,l'observation des boîtes permet de constater qu'une exposition trop longue aux UV entraine une baisse du nombre de colonie. On parle de l'effet létal des UV. En revanche, la mutation des colonies rouge (Ade2) ne semble pas liée à une exposition aux UV. il faut alors utiliser les résultats de la littérature pour observer qu'un maximum de mutations est obtenu pour une exposition durant 30 s.

Suspension de levures (x 400)

Observation de quelques mutants de drosophile

La drosophile (Drosophila melanogaster) est une petite mouche très utilisée en génétique pour sa capacité à faire une grand nombre de mutants. 

Drosophile de type sauvage

 

Mutant vestigial (vg)

Mutant white (w)

Les gènes homéotiques ou architectes sont des gènes qui commandent le fonctionnement de nombreux gènes. Ils interviennent dans la mise en place de grandes structures comme le squelette ou les membres chez les vertébrés ou les pattes et les ailes chez les insectes par exemple.

Chez les mutants Ultrabithorax, le thorax s'allonge et on voit chez les indivdus 2 paires d'ailes dont une rabougrie mais nettement visible.

 

Chez les mutants Antennapédia, les antennes sont rempacées par de courtes pattes.

La thérapie génique

Une maladie génique est provoquée par la mutation d'un gène. Il n'y a pas de traitement pour guérir une maladie génique. En revanche, on peut utiliser des thérapeutiques pour améliorer le confort des malades.

Une des voies actuelles de traitement est la thérapie génique. C'est une technique visant à changer le gène déficient par un "bon gène". Cette technique est sévèrement encadrée par la loi de bioéthique (dernières modifications en 2020) afin d'éviter la tentation de l'eugénisme.

Plusieurs techniques sont utilisées. Elles visent toutes à remplacer le gène déficient par un gène d'intérêt (gène fonctionnel) en utilisant un vecteur viral pour introduire le gène dans l'ADN des cellules-cibles. Bien entendu, le virus choisi doit être sans danger.

Les systèmes de réparation

On a pu constater que le taux d'erreurs dans un ADN nouvellement répliqué était très inférieur au nombre d'erreurs produites produites par l'activité de l'ADN polymérase durant la réplication. Cela ne peut s'expliquer que par l'existence de système de réparation de l'ADN modifié.

Ces systèmes de réparation sont constitués d'enzymes qui travaillent en collaboration et qui sont spécifiques du type de mutations. On peut prendre le cas de l'exposition aux UV et résumer les mécanismes de réparation.

 

Les types de mutations 

une mutation peut se manifester de différente façon :

— mutation par substitution : une paire de nucléotides est remplacée par une autre

— mutation par délétion : une paire de nucléotides est éliminée

— mutation par insertion : une paire de nucléotides est ajoutée à la séquence.

 

Le devenir d'une mutation : l'exemple de l'anémie de Fanconi

L'anémie de Fanconi est une maladie génétique rare. La moelle osseuse ne produit pas assez de cellules sanguines. Les malades sont de petite taille et souffrent dès l'enfance de fatigue chronique. Elles ont un risque important de leucémie (cancer du sang).

Dans la majorité des cas, la maladie se transmet de génération en génération selon le mode autosomal récessif. Cela signifie que l'allèle responsable de la maladie est porté par un autosome (chromosome non sexuel) et qu'il ne s'exprime que lorsqu'il est porté par les deux chromosomes homologues de la même paire. Lorsque un individu est hétérozygote (porteur d'un allèle "normal" et d'un allèle muté), on dit qu'il est conducteur de la maladie.

Mode de transmission de l'anémie de Fanconi 

 

Cependant, une équipe de chercheurs a découvert dans une famille dont un des enfants était touché par l'anémie de Fanconi que les autres membres de la famille n'étaient ni malades ni conducteurs de la maladie. La mutation provoquant l'anémie de Fanconi est donc apparu spontanément chez le patient.

Arbre généalogique (ou pédigrée) de la famille du patient

 

Toutes les mutations ne sont pas héréditaires. Lorsqu'elles touchent les cellules somatiques, elles ne sont pas transmises à la génération suivante. En revanche, lorsqu'une mutation touche des cellules de la lignée germinales, elle peut être transmise à la génération suivante.

Mutations germinales et mutations somatiques

  

Mutations et diversité allélique

Les gènes se présentent sous différentes versions appelées allèles. La diversité des allèles est la résultat de la variabilité des gènes. Dans certains cas, l'apparition d'une mutation donne un avantage à l'individu porteur puis à la population qui l'acquiert par reproduction. Le gène muté devient une forme particulière du gène ou allèle.

Si un allèle se maintient au cours de l'évolution, c'est qu'il présente un intérêt pour l'espèce. L'apparition des allèles AOB de l'hémoglobine entrainant le groupage sanguin a, sans doute, eu un intérêt évolutif. On peut s'en rendre compte avec l'hétérogénéité de la répartition des trois allèles dans la population mondiale.

Diversité allélique de l'hémoglobine. Le type A (acodadn) est la référence. Pour les types B et O, seuls les nucléotides différents sont indiqués.

 

Répartition des différents allèles dans certaines populations mondiales.






jeudi 10 septembre 2020

La réplication de l'ADN (classe de 1ère. spé SVT)

Semaine 2 (suite)

L'existence et la structure de l'ADN ne sont pas connu depuis plus d'un siècle. Au début du XXème siècle, on sait qu'il existe une substance appelée "nucléotine" située dans le noyau et qui est riche en azote. Très rapidement, on va découvrir que cette "nucléotine" est constituée de 4 bases azotées, la guanine, la cytosine, l'adénine et la thymine. 

Les 4 bases azotées de la "nucléotine"

 

Alors qu'on commence à connaître la composition chimique de l'ADN (acide désoxyribonucléique), on ignore toujours quel peut être son rôle. Vers 1925, on pense que ce sont les protéines qui assurent l'hérédité. Ce sont Griffith en 1928 puis Avery et McLeod en 1941 qui, par des expériences de "transformation bactérienne", vont permettre de comprendre que le matériel héréditaire est bien l'ADN

Les expériences de Griffith

 Petite vidéo sur les expériences de "transformation bactérienne" 

 La transformation de bactéries non virulentes en bactéries virulentes grâce à l'injection d'ADN de bactéries virulentes démontrent que les caractéristiques génétique sont portées par l'ADN. A partir des années 1940, la connaissance de l'ADN s'affine. Le chimiste Erwin Chargaff découvre en 1949, qu'une molécule d'ADN possède autant d'adénine que de thymine et de cytosine que de guanine. Les nucléotides vont donc par paire.

Les "règles" de Chargaff

En 1950, on sait qu'une molécule d'ADN contient 4 bases azotées, du désoxyribose (sucre), et du phosphate mais on ne sait pas comment tout cela est organisée. C'est Rosalind Franklin qui, en 1952, fait une avancée décisive en réalisant des clichées de la molécule par diffraction aux rayons X. Elle démontre ainsi que la structure de l'ADN est hélicoïdale.

Le cliché 51 de Rosalind Franklin qui montre la structure en hélice de l'ADN

 

C'est à partir de ce cliché et des connaissances sur la composition de la molécule d'ADN que James Watson et Francis Crick propose une structure pour l'ADN en 1953. Elle leur vaudra le prix Nobel en 1962

Modèle original de Watson et Crick pour la molécule d'ADN exposé au musée de Berlin


 

La structure de l'ADN est donc une double hélice constituée de nucléotides (1 base azotée + une molécule de désoxyribose + un phosphate). Les barreaux de la double hélice sont constitués par une association de deux bases azotées, adénine + thymine et guanine + cytosine.

Structure de l'ADN

 

Dans un chromosome, l'ADN s'enroule autour de protéines appelées histones sous la forme d'un "collier de perle". Cette structure se complexifie par enroulement successif pour donner un chromosome

De l'ADN au chromosome


 

Petits calculs (à faire)

Une cellule humaine en interphase peut se représenter sous la forme d'une microsphère de 50 µm de diamètre. Le noyau occupe environ 10% de ce volume  et renferme 46 chromosomes monochromatidiens. Si on prend un chromosome de taille moyenne, on estime qu'il contient 235 millions de pb (paires de bases) distantes de 0,34 nm. Estimez la longueur du chromosome et donnez votre résultats dans une unité cohérente (pas en kilomètre !).

On estime qu'un être humain est composé de 30 000 milliards de cellules. dont 84% d'hématies sans noyau. Les 23 chromosomes différents de l'espèce humaine réunissent 3 milliards de pb. A partir de l'ensemble des informations, estimez la longueur moyenne de tout l'ADN présent dans l'organisme d'un humain. Comparez à la taille d'une cellule.

Nous avons vu qu'avant toute division cellulaire (mitose ou méiose), il y a doublement de la quantité d'ADN produite par le phénomène de réplication de l'ADN. Dès la découverte de la structure de l'ADN, les scientifiques s'intéressèrent à ce phénomène. Plusieurs modèles furent proposés.

Les hypothèses concernant la réplication de l'ADN

 

Même si l'hypothèse dite semi-conservative est privilégiée dès le début, encore faut-il prouver que c'est le bon mécanisme. Il faudra attendre 1958 pour que Matthew Meselson et Franklin Stahl établissent un protocole permettant de vérifier l'hypothèse.

Expérience de Meselson et Stahl

Les résultats

 

Une petite vidéo sur l'expérience de Meselson et Stahl pas mal faite même si la dame est un peu gnangnan


 Exercice

 *Pour la première question, on prendra une vitesse de réplication de 1000 pb par seconde chez les bactéries.

L'exercice vous a montré que dans le cas de grands chromosomes humains, il faut admettre que la réplication commence à plusieurs endroits en même temps. Ces lieux d'initiation de la réplication s'appelle des"yeux de réplication".

Photographie des yeux de réplication d'une molécule d'ADN

 

Schéma d'un œil de réplication

 

Semaine 3

Petit essai de TP à la maison

Rôle de l'ADN-polymérase

Vous venez de voir que la réplication de l'ADN se fait au niveau des yeux de réplication. Seulement s'il n'y avait que l'ADN, la réplication ne pourrait pas avoir lieu. Il faut un système de démarrage. C'est ce qu'on appelle un catalyseur. En biochimie, les catalyseurs sont les enzymes. Nous entrerons un peu dans le détail dans le chapitre 6. En attendant, nous allons nous intéresser à l'ADN-polymérase, l'enzyme qui catalyse la réplication. Pour ce faire nous allons travailler sur le site libmol.org.

Fiche technique de libmol.org

 

Quand vous êtes dans le site, tapez ADN dans "Rechercher dans la librairie de molécules". Vous avez 24 réponses. 

Entrez d'abord, ADN 14 paires de bases. Allez dans séquence. Vous devez voir apparaitre la série de nucléotides de chaque chaîne. Recopiez là dans votre classeur en réunissant les deux nucléotides complémentaires par un trait. On a la représentation classique d'un fragment d'une molécule d'ADN.

Dans fichier, entrez maintenant "ADN-polymérase". Vous devez voir une sorte de boulgi-boulga qui ne vous évoque pas grand chose. Dans "commande", sélectionnez ADN/ARN puis représentez en sphères. Normalement tout devrait s'éclairer. Vous devriez bien visualiser la double hélice d'ADN et l'enzyme globulaire qui l'entoure. Sélectionnez protéines et représentez en rubans. Ce ruban représente la chaine d'acides aminés qui constitue la protéine enzymatique. Dans séquence, regardez A (la dernière à droite). Chaque acide aminés est symbolisé par ses 3 premières lettres (lys = lysine, ala = alanine). De combien d'acides aminés est constituée l'ADN polymérase ? (vous ne comptez pas le Na et les HOH)

Dans fichier, entrez maintenant "ADN-polymérase du bactériophage T2 en cours de réplication". Pour votre information, un bactériophage est un virus qui parasite les bactéries. Dans commande, sélectionnez ADN/ARN puis représentez en sphère. Décrivez en une phrase ce que vous voyez. Si vous inversez (ADN en boules et protéines en sphères et bâtonnets) qu'est ce qui apparait nettement ?

La PCR

La PCR (Polymerase Chain Reaction) a été mise au point en 1985 par Kary Mullis. Cette technique utilise la réplication de l'ADN pour amplifier le nombre de chaines et pouvoir l'analyser plus facilement et plus précisément. C'est cette technique qui est à la base des tests de dépistage du Covid19.

Afin de comprendre ce qu'est cette technique allez sur le site suivant : 

https://www.pedagogie.ac-aix-marseille.fr/jcms/c_10595381/fr/video-enrichie-sur-le-principe-de-la-pcr?hlText=pcr

Utilisez la première vidéo qui est simple. Cette animation s'arrête deux fois. Vous devez répondre aux questions puis vérifier vos réponses. Les questions sont simples, elles ne visent qu'à voir si vous avez bien suivi le déroulement de la technique.


 


mardi 8 septembre 2020

Les divisions cellulaires chez les eucaryotes (1ère spé SVT)

Semaine 1

On divise classiquement les êtres vivants en deux grandes catégories, les eucaryotes et les procaryotes. Les eucaryotes possèdent un noyau différencié, qui contient le matériel génétique, séparé du cytoplasme par une membrane nucléaire. Appartiennent aux eucaryotes, les animaux, les plantes et les champignons. Les procaryotes ne possèdent pas de noyau. Le matériel génétique est intégré au cytoplasme de la cellule. Appartiennent aux procaryotes, les bactéries et les virus.
Les chromosomes sont des structures universelles aux cellules eucaryotes.

Un chromosome peut être monochromatidien ou bichromatidien


La quantité d'ADN (acide désoxyribonucléique) varie au cours de la vie de la cellule. On parle de cycle cellulaire. Durant ce cycle cellulaire, on observe un doublement de la quantité d'ADN pendant la phase S (réplication) et une division de la cellule durant la mitose.

Cycle cellulaire d'une cellule eucaryote



Durant le cycle cellulaire de la reproduction conforme ou mitose, le nombre de chromatide par chromosome varie entre 1 et 2. L'état de condensation des chromosomes varient aussi. Plus un chromosome est condensé mieux il se voit au microscope. La condensation est maximale durant la mitose alors que le chromosome est bichromatidien et minimale durant la phase G1 alors que le chromosome est monochromatidien.

Les états de condensation du chromosome


La mitose est appelée reproduction conforme car toutes les caractéristiques de la cellule parentale sont conservées chez les deux cellules filles. La mitose est classiquement divisée en 4 phases :
— la prophase durant laquelle la membrane nucléaire disparait et les chromosomes apparaissent
— la métaphase durant laquelle les chromosomes bichromatidiens se disposent en plaque équatoriale — l'anaphase durant laquelle les deux chromatides d'un chromosome se séparent et migrent à chaque pôle de la cellule durant l'ascension polaire
— la télophase qui correspond à la séparation des deux cellules filles.
L'immense majorité des espèces vivantes est diploïde c'est à dire que les chromosomes vont par paires appelées chromosomes homologues. Lorsqu'un individu est un diplonte, on schématise son caryotype par 2N. Dans le cas de l'espèce humaine, 2N = 46. Cela signifie que l'espèce présente 46 chromosomes disposés en 23 paires.

Déroulement simplifié d'une mitose chez une cellule 2N = 4


Les phases de la mitose chez une cellule 2N = 2


Une petite vidéo de mitose chez une cellule végétale… accompagnée par le Boléro de Ravel !


Une vidéo qui résume le cycle cellulaire et la mitose


Chez les eucaryotes, il existe deux grandes lignées cellulaires, la lignée somatique et la lignée germinale. La lignée cellulaire regroupe toutes les cellules qui constituent le corps (soma) d'un organisme. Les cellules somatiques ne subissent que la mitose.
La lignée germinale correspond aux cellules assurant la reproduction (gamètes = ovocytes + spermatozoïdes). Elles peuvent subir aussi le processus de mitose, mais sont les seules à subir la méiose.
La méiose est une division cellulaire qui conduit à la fabrication de 4 cellules haploïdes à partir d'une cellule diploïde.

Lignée somatique et lignée germinale


Variation du taux d'ADN dans une cellule de la lignée germinale.


On constate qu'après la méiose, la cellule ne peut plus avoir de cycle cellulaire. On constate aussi que la méiose est constituée de 2 divisions successives.

Les deux divisions méiotiques successives


Le déroulement de la méiose (donné à titre indicatif, ne pas apprendre)


Conclusion : la mitose est un processus qui permet le maintient des caractéristiques génétiques d'une lignée cellulaire. La méiose est un processus qui permet d'introduire de la variabilité chez un individu tout en maintenant les caractéristiques générales de l'espèce.

Semaine 2

Activité pratique prévue le 10 septembre

A. Observation microscopique de mitose dans les cellules de racine de jacinthe


A : cellule en interphase (avant la mitose)
B : prophase
C : métaphase
D : anaphase
E : deux cellules filles issue de la télophase

B. Observation microscopique de méiose dans les anthères du Lis.


Chez les végétaux, le gamète mâle est le grain de pollen. Celui-ci se forme dans les anthères qui est la partie fertile des étamine. Vous voyez quelques phases des deux divisions méiotique.

C. Des caryotypes anormaux

Il peut arriver que la méiose se passe mal et que les chromosomes soient inégalement répartis dans les différents gamètes. Ce phénomène est à l'origine des trisomies. Ces anomalies touchent souvent les chromosomes sexuels (syndrome de Turner, syndrome de Klinefelter). Pour les chromosomes non-sexuels (les autosomes), la seule trisomie viable à long terme est la trisomie du 21 appelé syndrome de Dawn.

Allez dans le site suivant et suivez les informations qu'on vous donne. Vous pourrez ainsi observer comment on fait un caryotype et ce qu'on peut en tirer.


Suite du cours...