dimanche 13 décembre 2020

Chapitre 8. L'immunité adaptative (classe de 1ère, spé SVT)

L'immunité adaptative, une spécificité des vertébrés

L'immunité innée est suffisante pour éliminer la majorité des infections de l'organisme. Il arrive cependant que cette barrière immunitaire soit débordée. De nouveaux mécanismes se mettent en place qui constituent l'immunité adaptative ou immunité spécifique. En fonction du pathogène, 2 voies se mettent en place :

— si le pathogène est une bactérie ou un virus en début d'infestation, ce sont les lymphocytes B (LB) qui sont les acteurs de cette réponse humorale,

— si le pathogène est une cellule de l'organisme parasitée par un virus ou une cellule en voie de cancérisation ce sont les lymphocytes T CD8 (LTCD8) qui sont les acteurs de la réponse cellulaire.

Caractéristiques et actions de lymphocytes B (LB)

Comme toutes les cellules sanguines (hématies et leucocytes), les LB naissent dans la moelle rouge des os. Lorsqu'elles passent dans la circulation sanguine, les cellules de l'immunité se regroupent dans des organes particuliers appelés organes lymphoïdes, comme la rate, l'appendice ou les amygdales. C'est ce qui explique leur gonflement en cas d'infection.

Les organes lymphoïdes humains

 

Les LB sont capables de reconnaître directement l'antigène grâce à des protéines de surface appelés immunoglobulines ou gammaglobulines. On peut repérer leur présence chez un malade grâce à une électophorèse.

Mise en évidence des immunoglobuline (IgG) par électrophorèse

 

La reconnaissance de l'antigène

Lorsque l'immunité innée est débordée, la population de lymphocyte qui est toujours présente dans l'organisme va chercher à reconnaître l'agent infectieux ou antigène. A sa surface se trouve des déterminants antigéniques qui vont être reconnus par quelques LB. Cette reconnaissance, dite encore sélection clonale, active le clone de LB qui se met à se multiplier activement (phase de prolifération clonale). Lorsque la population de LB activés est suffisante, on observe une différenciation dans cette population.

De la sélection clonale à la différenciation 

La différenciation des LB

La différenciation des LB donne naissance à deux populations cellulaires, les plasmocytes et les LB-mémoire.

Les plasmocytes sont des cellules de beaucoup plus grande taille que les LB. Ils possèdent de nombreux ribosomes, sièges d'une très active biosynthèse des protéines. Ces protéines sont des anticorps qui ont la même structure que les immunoglobulines mais peuvent se détacher et circuler dans le sang (on parle d'anticorps circulant). Ils sont les responsables de la phase effectrice de la réponse humorale.

Electronographie d'un LB et d'un plasmocyte

 

Les anticorps sont constitués de 4 chaînes protéiques, 2 chaînes lourdes et 2 chaînes légères. Une grande partie des anticorps est commune à tous les anticorps. C'est la partie constante. Aux deux extrémités qui se fixent sur les antigènes, se trouvent les parties variables selon l'antigène à fixer.

Structure d'un anticorps

 

Les LB-mémoire peuvent vivre plusieurs dizaines d'années. Ce sont les agents de la mémoire immunitaire, caractéristique sur laquelle est basée la vaccination.

Rôle des anticorps

Les anticorps vont fixer les antigènes en formant un complexe immun grâce au fait que chaque anticorps peut se lier à 2 antigènes. On peut visualiser la formation d'un complexe immun avec le test d'Ouchterlony.

Schéma de formation d'un complexe immun

 

Protocole expérimentale du test d'Ouchterlony

 

Résultat du test d'Ouchterlony. Les traces blanches sont appelées "arcs de précipitation". Elles correspondent à la présence de complexes immuns qui se sont formés après migrations par capillarité de l'anticorps et des antigènes testés. Dans ce cas, l'anticorps A est un anticorps anti-G et anti-E

Attention, un anticorps ne détruit pas l'antigène ! L'élimination du complexe immun se fait grâce aux macrophages qui possèdent à leur surface des récepteurs de la partie constante des chaînes lourdes des anticorps. C'est ainsi que sont éliminés les antigènes libres dans l'organisme.

Phagocytose du complexe immun

 

Caractéristiques et action des lymphocytes T (LT)

Les lymphocytes T proviennent aussi de la moelle rouge des os mais ne deviennent fonctionnels (on dit immunocompétents) qu'après être passé par le thymus, une petite glande située au dessus du cœur.

Position du thymus chez l'homme

 

Ces cellules possèdent aussi des récepteurs appelés récepteurs, appelés récepteurs T, qui ne peuvent fixer qu'un seul déterminant antigénique.

Schémas de comparaison d'un lymphocyte B et d'un lymphocyte T

 

Contrairement aux lymphocytes B, les récepteurs T ne peuvent se fixer directement sur un antigène mais sur une cellule en voie de cancérisation ou une cellule parasitée par un virus et qui porte des déterminants antigéniques à sa surface. 

La double reconnaissance

Les LT ne pouvant pas reconnaître directement un antigène, la reconnaissance va se faire sur une CPA (cellule présentatrice d'antigènes). Il faut de ce fait que le LT repère que la CPA appartient au soi (en immunologie, le soi représente l'ensemble des cellules qui appartient à l'organisme alors que le non-soi représente les bactéries et les virus et, éventuellement, le greffon lors qu'une greffe). Cette reconnaissance se fait par l'intermédiaire d'un système de reconnaissance cellulaire appelé CMH (complexe majeur d'histocompatibilité) ou système HLA (human leucocyte antigen). On parle alors de double reconnaissance.

Schéma de la double reconnaissance

 

De la double reconnaissance à la différenciation

Lorsque l'antigène a été reconnu par un LT, celui-ci ce multiplie comme dans le cas des LB. Il y a cependant une très grande différence avec les LB, c'est que dans le cas des LT, il existe deux populations distinctes de LT, les LT CD8 et les LT CD4 qui ont chacune reconnu l'antigène sur une CPA.

Les LT CD8 se différencient en LTc (lymphocytes T cytotoxiques) et en LT CD8-mémoire qui ne semblent pas avoir un rôle essentiel.

Les LT CD4 se différencient en LT CD4 helpers ou LT CD4 auxiliaires qui interviennent dans le déroulement de la réponse adaptative (voir plus loin) et en LT CD4-mémoire.

Schéma de la différenciation des LT

 

La destruction des cellules infectées

Contrairement au LB, les LTc vont au contact des cellules infectées pour les détruire après double reconnaissance de l'antigène et du CMH des cellules infectées.

La destruction de la cellule cible se fait en général par injection d'une protéine appelée perforine qui entraine l'autodestruction de la cellule parasitée.

Autoradiographie présentant la destruction d'une cellule parasitée par un LTc

 

Le rôle des LT CD4

L'expérience de la chambre de Marbrook

 

D'après l'expérience ci-dessus, on peut en tirer deux conclusions :

— la présence des LT CD4 favorisent l'augmentation du nombre de LB sécréteurs d'anticorps (plasmocytes) et donc la réponse immunitaires adaptative

— cet effet ne se fait pas par contact mais par l'intermédiaire de molécules d'interleukine émises par les LT CD4

Il y a une véritable mise en œuvre d'une coopération cellulaire comme le montre le schéma ci-dessous.

 

Une conséquence du rôle centrale des LT CD4, l'action du VIH

Le VIH (Virus de l'Immunodéficience Humaine) est le responsable du SIDA  (Syndrome de l'ImmunoDéficience Acquise). Ce virus a la particularité de s'attaquer au LT CD4. Comme les LT helpers qui en dérivent sont les véritables chefs d'orchestre de l'immunité, leur destruction réduit petit à petit les défenses immunitaires du malade.

Lorsque la concentration en cellules immunitaires du patient passent sous un seuil, les premières maladies opportunistes commencent à se déclarer. Elles sont ainsi appelées car elles profitent de la faiblesse du système immunitaires pour se développer. Ce sont des maladies fongiques, des pneumopathies et des cancers de la peau. Epuisé, le malade meurt environ 10 heures après sa primo-infection s'il n'est pas soigné.

Evolution du taux de VIH et de LT durant l'infection par le virus

  

Quelques éléments sur les virus et sur la COVID-19

Un virus est une structure biologique dont on ne peut pas dire si elle est vivante ou pas puisqu'elle n'est pas capable de s'auto-reproduire comme une bactérie, par exemple. Elle est donc un parasite obligatoire d'une cellule eucaryote ou procaryote.

Un virus est constitué de protéines et de matériel génétique qui peut être :

— de l'ADN et on parle de DNA-virus. Exemple : les virus de la varicelle ou de la variole

— de l'ARN et on parle alors de rétro-virus. Exemple : le virus de la grippe, du SIDA ou de la COVID-19.

Le fonctionnement des virus est assez variable. Dans le cas du VIH, l'ARN et une enzyme virale appelée transcriptase-inverse pénètre dans le cytoplasme. Cette enzyme permet la rétrotranscription de l'ARN virale en ADN qui peut ainsi s'intégrer dans le génome des LT CD4. On parle de provirus.

Cycle du VIH

 

Dès lors tout le métabolisme du LT est orienté vers la fabrication de petits virus, ce qui aboutit à la destruction de la cellule hôte.

La polythérapie actuelle (cocktail de plusieurs anti-viraux) ne détruit pas le virus mais bloque son action dans le génome.

ON NE SAIT DONC PAS GUERIR LE SIDA MAIS SIMPLEMENT BLOQUER L'ACTION DU VIRUS.

Le Virus de la COVID-19. Vue d'artiste

 

Structure du virus de la COVID-19

 

Nomenclature des coronavirus

 

Les coronavirus sont des parasites des cellules respiratoires des mammifères. Il peut y avoir facilement passage d'une espèce à l'autre. Si au début de l'épidémie, on a accusé le pangolin d'avoir transmis le Sars-CoV-2 à l'espèce humaine (il faut toujours une coupable !), il a bien fallu se rendre à l'évidence que le malheureux pholidote (groupe zoologique dont font partie le pangolin et le tatou) n'y était pas pour grand chose…

Libérez les pangolins !

 

Cycle du Sars-Cov-2

 

Contrairement à ce qui se passe avec le VIH, le génome du Sars-CoV-2 ne s'intègre pas au génome de la cellule parasitée. L'ARN du virus se comporte comme un ARN messager et est directement transcrit au niveau des ribosomes de la cellule hôte. Tous les éléments nécessaires à la construction de nouveau virus sont ainsi constitués.




mardi 8 décembre 2020

Révisions de géologie (classes de terminale, spé SVT)

Structure du globe

 

Lithosphères continentale et océaniques

 

Structure d'une plaque lithosphérique


 

Planisphère des plaques lithosphériques

 

Fonctionnement d'une dorsale

Vue en 3D d'une subduction continent-océan

 

Coupe dans une subduction

 

Le plan de Benioff-Wadati

 

Le métamorphisme dans la plaque subduite (ou plongeante) 

Le volcanisme de subduction

 

Chaînes de subduction et chaînes de collision

 

Histoire des Alpes



 

Les ophiolites





vendredi 4 décembre 2020

Chapitre 4. Energie, choix de développement et futur climatique (Terminale, enseignement scientifique)

L'empreinte carbone

L'empreinte carbone d'une activité ou d'une personne est la masse de CO2 produite directement ou indirectement par sa consommation d'énergie et/ou de matière première.

Elle se calcule sur l'ensemble du cycle de vie de l'objet ou de l'animal dans le cas de la consommation de viande ou de poisson.

Cycle de vie d'un objet

 

L'empreinte carbone d'un français en 2016

 

La pollution atmosphérique

Un hydrocarbure produit uniquement de l'eau et du CO2 par combustion complète. Si la combustion est incomplète ou que le combustible contient autre chose que C et O, de nombreux produits sont libérés dans l'atmosphère comme CO ou NO2 par exemple, mais aussi des particules fines comme les suies. 

Ces polluants sont néfastes à la santé publique. Le cas le plus célèbre est celui des moteurs fonctionnant au diesel et qui sont en voie de disparition. 

Tableau des principaux polluants atmosphériques

 

Tableau des particules fines

 

Le chauffage au bois, source de nombreuses particules fines

 

La pollution industrielle. Ici l'usine Metaleurop à Noyelles-Godault (Pas-de-Calais), fermée en 2003, dont la pollution aux métaux non-ferreux fut un long scandale.

 

La pollution domestique par les suies

 

La pollution urbaine par les activités de nettoyage

 

Les problèmes de santé liés à la pollution urbaine sont essentiellement respiratoires. Pour les plus fragiles, notamment les personnes âgées, des problèmes cardiovasculaires peuvent survenir.

 

Les solutions proposées par les grandes villes sont variées. La municipalité de Londres fait payer une taxe pour ceux qui veulent entrer en voiture dans la ville alors que les villes allemandes, suite aux destructions de la seconde guerre mondiale, ont opté depuis longtemps pour des villes "vertes" avec de très grandes surfaces arborées.

Vue du Tiergarten à Berlin qui occupe le centre de la ville

 

La municipalité de Paris a opté pour une politique des "petits pas" en supprimant des places de parking dans le centre ville et la fermeture des voies sur berge, héritées de l'ère "tout voiture" pompidolienne.

D'un point de vue plus général, on peut constater sur la carte ci-dessous, que la pollution atmosphérique frappe essentiellement au nord du pays, zone des vieilles industries très polluantes et dans le sillon rhodanien très industrialisé.

 

La transition écologique

Depuis la convention de Kyoto en 1997, un accord a été signé afin de limiter le rejet des GES. La carte ci-dessous présente les principaux risques liés à ceux-ci tels que définis par le GIEC.

 

En réalité, le chemin vers une politique et une économie diminuant l'utilisation des combustibles fossiles se limitent actuellement à la signatures d'accords non contraignants comme les accords de Paris en 2015, suite à la COP 21. Certains des plus gros pollueurs de la planète comme les USA, se sont même retirés de l'accord suite à l'élection de Donald Trump. Il est regrettable que de nombreux pays soient dirigés par des climatosceptiques notoires comme Trump, Scott Morrison, 1er ministre d'Australie qui nie tout problème environnemental ou Jair Bolsonaro, président du Brésil qui pousse à la destruction de la forêt amazonienne.

Les accords signés après la COP 21 sont fondés sur 6 scénarios d'évolution de la température élaborés par le GIEC. Sur les documents suivants 4 ont été retenus :

— scénario 1 : on ne fait rien et le taux de GES arrive à 1370 ppm équivalents CO2 d'ici 2100. La température monte de plus de 4 °C. Les conséquences écologiques et humaines sont catastrophiques.

— scénario 4 : on limite drastiquement le rejet des GES. Le taux de ceux-ci montent encore durant une vingtaine d'année jusqu'à 490 ppm puis commence une légère baisse. L'augmentation de température se limite à 1°C.

Ces deux scénarios sont les extrêmes. Si le scénario 4 est du domaine de l'utopie, il faut espérer que le scénario 1 ne se produira pas, aux bénéfices des scénarios intermédiaires comme le scénario 3 qui propose une stabilisation du taux de GES à 660 ppm avec une augmentation de température de l'ordre de 2°C

4 des 6 scénarios proposés par le GIEC

 

Graphe de la concentration en GES selon les scénarios retenus

 

Graphe de l'évolution de la température moyenne globale selon les scénarios retenus

 

Les accords de Paris, comme tous les accords sur le climat signés depuis plus de 20 ans, sont non contraignants. Autant dire qu'ils ne servent pas à grand chose et qu'une fois rentré chez soi on oublie sa signature. La conférence de Katowice en 2018 est passée totalement inaperçue et quant à la COP 26 prévue en 2020, elle a été repoussée à plus tard, COVID oblige. La France, qui est pourtant considéré comme un des plus en pointe en matière de protection du climat, a déjà dépassé les limites en CO2 qu'elle s'était fixée pour 2030.